霉菌尿道炎的治疗有三个方法，局部用药、全身用药及联合用药。选择局部或全身治疗方法时，药需要用抗真菌药物，多数为局部用药。一般服用治疗霉菌性尿道炎的药物，如果是口服，在一定程度上是对于阴道炎也是有治疗作用的，但是霉菌性阴道炎治疗方面可以选择阴道局部给要，可进行检查排除，也是有必要的。
男性患有霉菌尿道炎的治疗方法就是去正规医院的男科进行详细的检查，再有针对性的治疗就可以了，每天清洗生殖器，保持局部卫生，避免搔抓，不要食用辛辣刺激性的食物，衣物分开洗，避免交叉感染。
出现霉菌性阴道炎，可以使用抗真菌药物治疗，还是到正规的泌尿科就诊检查，在医生指导下进行药物治疗，不要盲目服用药物，防止出现肝肾功能损伤等副作用。如果进行性生活，有传染给对方的可能患病期间要暂停性生活，注意卫生，多喝水，不要吃辛辣食物。
女性非淋菌尿道炎可以通过药物进行治疗。
非淋菌性尿道炎主要是遵医嘱通过药物进行治疗，并注意局部的卫生。一般可以口服强力霉素、四环素等药物，具有消炎、治疗的作用。在用药的过程中要注意自身的局部卫生，因为非淋菌性尿道炎存在传染性，所以在治疗过程中要尽量避免同房，以免发生交叉感染。
淋球菌尿道炎要到泌尿外科，查尿道口分泌物药敏培养，确诊后根据药敏培养的结果选择敏感的抗菌药规范抗炎治疗，治疗期间清淡饮食，戒烟酒及辛辣刺激性食物，多喝水，勤排尿，避免不洁性生活。
葡萄球菌尿道炎应该做好消炎杀菌的工作，可以口服消炎药或者抗生素进行消炎杀菌处理，也可以使用外用的药膏杀菌。平时注意多喝一些水冲洗尿道，促进炎症的恢复。同时保持个人清洁卫生，避免造成交叉感染。