巧克力囊肿平时一般会引起痛经明显，这可结合B超检查帮助诊断，进一步确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。一般对于5厘米以上的囊肿，应尽早手术治疗较好，以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。
主要靠病史、症状和体征。常见的检查有：妇检、超声诊断、MRI、CT、腹腔镜及实验室检查。痛经的症状明显减轻，无阴道出血现象，无下体疼痛现象，这些都可以判断巧克力囊肿是否治好。
巧克力囊肿平时会引起痛经明显，可结合B超检查帮助诊断，确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。对于5厘米以上的囊肿，应尽早手术治较好，以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。目前治疗以微创腹腔镜下手术治疗为主，伤口只有三个小孔，损伤小，恢复很快。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
患有巧克力囊肿要保证充分的睡眠，每天早起早睡，可以使皮肤变得更好，而且卵巢也会更健康。适量的喝红酒，红酒可以促进卵巢活性，从而提高卵子的质量。多吃豆制品，多吃一些豆腐、豆浆及豆制品，因为里面含有大量的植物蛋白，可以让卵巢更结实，卵子更健康。
巧克力囊肿，做B超是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊。巧克力囊肿是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态。