巧克力囊肿手术之后，建议如果是腹腔镜手术，建议在一个半月之后同房，如果是开腹手术，需要是两个月再有性生活。由于巧克力囊肿具有复发性，所以术后要继续给予用药治疗。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症，内膜异位到了卵巢，每个月卵巢异位灶反复出血引起囊肿，并且引起盆腔粘连。容易导致输卵管粘连，引起不孕症。手术后一般要休息一个月，在术后一个月内要注意休息，禁止性生活，所以一个月以后可以同房。
术后一个月内是不能有性生活的，一个月后如果恢复良好那就可以有适当的性生活及备孕的，然后再注意术后的休息及卫生等建议，术后注意适当活动，避免长时间的卧床，引起术后黏连，并注意观察术后的来经情况，再孕前做下孕前检查和优生检查。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上生长而导致形成，通常会引起进行性的痛经，甚至是导致不孕，当卵巢巧克力囊肿大于五公分以上，而且引起痛经严重，考虑行腹腔镜手术来将卵巢巧克力囊肿切除，一般在切除手术以后，禁止同房和盆浴一个月。
术后休息一周，要完全恢复，可能需要一个多月的时间。注意休息，注意切口卫生，不要熬夜。多吃新鲜的蔬菜和水果，少吃辛辣油腻刺激性的食物。如出现异常情况，及时去医院复查。
一般手术三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。建议平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。