一般在12周以后就可以自然消失。如果盆腔的超声检查发现，囊肿内容物不均匀，或者是囊壁有乳头状的改变，这有可能是卵巢的恶性肿瘤，可以先做妇科肿瘤标记物进行初步的排查，对于生理性的卵巢囊肿。
卵巢囊肿中医认为主要是由于气血亏虚，湿热邪气结聚所致，一般药物很难治疗好。孕期一般不治疗卵巢囊肿，大多是生理性的黄体囊肿，没有不适不需要处理的。怀孕期有卵巢囊肿不影响胎儿的发育，是需要定期复查的，目前是不需要治疗的。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
怀孕了有卵巢囊，直径大于8厘米的囊肿，要做手术治疗，术后要注意休息和保胎治疗。直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
一般情况下，卵巢囊肿的患者怀孕了，必须要检测囊肿有多大。如果卵巢囊肿在两三公分，并且生长比较缓慢，可以先不必担心，可以继续妊娠。如果卵巢囊肿超过五公分，可以考虑在医生的指导下进行手术切除。现在用微创手术，病人损失也比较小，囊肿摘除以后不影响胎儿生长发育。怀孕以后雌激素水平的刺激下，有的卵巢囊肿可能增长速度比较快，要密切观察囊肿的变化，患者要防止囊肿影响分娩，以免导致卵巢囊肿蒂扭转出现急腹症。
现在只能是尽量的延长孕周，到预产期的时候，破腹产同时进行囊肿切除的，如果中间出现腹疼明显，囊肿生长速度很快，也是需要先手术的，所以尽量的减少活动，按时产前检查，出现腹疼或腹疼加重及时的就诊。