卵巢囊肿的诊断往往因肿瘤的大小、性状不同而有难易之别，详细询问病史时不仅注意生殖器官，并需注意全身情况与其他重要器官的有关病史；结合临床表现与体检，除注意肿瘤本身的特征外，尚应了解全身情况，故不仅妇科检查，而全身检查，特别是腹部检查亦极重要。
卵巢囊肿分良性与恶性，恶性的卵巢囊肿是最严重的。恶性卵巢囊肿临床上常见的症状包括腹胀、腹痛、消瘦、晚期可有体重下降等。查体可出现盆腔包块、腹部包块、腹腔积液、腹水等体征，这些体征可由相关妇科检查出来。
卵巢囊肿一般多在月经早期或者末期做检查较好，卵巢囊肿多是良性肿瘤，生长速度慢，一般没有临床症状，可以先药物治疗，如果囊肿不作治疗，随着囊肿的增大，常见的并发症是卵巢囊肿蒂扭转、囊肿破裂、感染、囊肿恶变。如果发现卵巢囊肿的体积超过5cm可以考虑手术治疗的。根据情况，如果卵巢囊肿已达手术标准，可以先药物治疗的。如果效果不好，再考率手术治疗。
出血性囊肿常为多发性，其与子宫相连，并且经常和月经异常一起出现。多数的病人在初期并没有什么明显的症状。这种病被发现经常是在女性做妇科检查的时候被发现的，如果不及时发现并就医解决，很可能会耽误好的治疗时机，并且加重治疗负担。所以一定要按时做检查。
通常是做卵巢囊肿剥离手术，尽量不要切掉卵巢，可以考虑做腹腔镜手术，术中做冰冻，可以决定手术的范围，术后做病理检查是可以确诊的，一般腹腔镜手术，创伤小，恢复快，手术以后还需要定期复查。