卵巢囊肿常见是良性的，恶性的很少，长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。如果尺寸比较小，可以采取一些药物进行活血化瘀治疗，定期复查。如果尺寸比较大，就需要通过手术处理。
一般来说，患有卵巢囊肿要做肿瘤标志物检查，主要是因为卵巢囊肿大部分属于妇科良性肿瘤，但是还要排除有恶性程度的可能性，所以通常最好做肿瘤标志物的化验检查。此外，如果患者是卵巢囊肿，同时伴有痛经的症状，通过肿瘤标志物检查，如果检查发现CA125出现轻度升高，就高度怀疑是否由于子宫内膜异位症引起的囊肿，通常可为临床上下一步的治疗提供可靠依据。
卵巢囊肿肿瘤治疗费用不高，卵巢囊肿是比较宽泛的概括，其中有小部分是属于肿瘤范畴，对于是否是肿瘤主是要鉴别卵巢囊肿的发病病因。平时要注意休息，精神不要太过紧张，压力不要太大，要注意饮食，要多吃有营养的食物。
判断卵巢囊肿是良性肿瘤还是恶性肿瘤，主要依据以下几个方面：第一、卵巢囊肿要根据肿物的大小判断，囊性是否伴有出血、坏死，囊内容物是浆液性还是黏液性。一般恶性肿瘤会出现实性肿物，多彩状，伴有出血坏死等。第二、卵巢囊肿需要经过手术切除来进行病理检查，并根据组织细胞结构的特点来诊断，必要时应该结合免疫组织化学染色和基因检测从而进行有针对性的治疗。
通常情况下，有卵巢囊肿的患者肿瘤标志物正常，说明患者患有的可能是良性的卵巢囊肿或生理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿主要是由于月经周期内女性体内雌激素和孕激素水平发生周期性变化引起的；而良性卵巢囊肿的形成与遗传因素有关，是部分卵巢组织发生了基因突变，出现了不正常的增生所形成的。并且囊内液体一般可分为黏液性和浆液性两种，主要是由于囊壁细胞分泌了不同的物质所致。
卵巢囊肿来自癌症，会显示肿瘤标志物不正常，也可以通过观察卵巢囊肿的生长速度，判断是否产生癌变，如卵巢囊肿直径在一到两个月内一到两次，生长得更快并且会出现双侧卵巢囊肿，应谨慎排除癌变的可能性，这应该做相关检查，检查是否有可能恶变，肿瘤标志物发现或不能排除恶变应采取手术治疗。