确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
附件巧克力囊肿需要做手术治疗。如果囊肿不是很大，症状也不明显，没有明显的痛经，暂时可以保守治疗，可以口服避孕药或者宫腔内放置环。如果有生育要求，是手术治疗后进行用药，然后积极的备孕。如果仍然不能怀孕，就需要做试管婴儿。
囊肿体积比较大，并且边界不清楚，那么就应当剖腹探查取出囊肿，送病理检查明确囊肿性质以后，再决定下一步是否后续治疗。目前没有很好的药物能减少囊肿的发生。如果囊肿不是囊性的，而是实性或囊实性，尽早做手术。因为实性或囊实性的肿物，考虑肿瘤的可能性最大。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的。是具有活性的子宫内膜细胞，在卵巢处生长而形成的囊肿包块。这种包块会随着月经周期发生变化，而进行性的加重，通常会伴有痛经和月经不调。对于比较小的囊肿，日常注意休息，多喝温开水，饮食宜清淡易消化食物，忌辛辣刺激性，油腻，油炸生冷食物，养成良好的生活习惯。少量多餐，定时定量。积极参加体育锻炼，提高机体免疫力。