生理性卵巢囊肿的原因有卵泡、黄体囊肿等。在正常的生理周期中，在增生期会出现卵泡的成长，最终形成一个成熟卵泡；在排卵过后或者怀孕初期，可能出现黄体囊肿，这些都是生理性的，没有什么问题的，会自动消失。可以在下次月经干净后的3-7天复查彩超可以确诊。
较多见的生理性卵巢囊肿是月经周期中正常的卵泡持续生长，这种囊肿通常不会引发健康问题，也很少导致身体疼痛不适，一般在2~3个月经周期会自行消失，不需要进行治疗。如果反复出现生理性卵巢囊肿，女性患者就要及时去医院做性激素六项检查，同时也要改善自己的生活方式，改善饮食习惯，避免吃辛辣刺激性食物，避免吃富含激素的食物。
生理性卵巢囊肿也就是黄素囊肿，囊肿一般不会太大，多在妊娠三月后自行消失，少数人囊肿可能较大发生破裂引起腹腔内出血，还有些人发生囊肿蒂扭转，病理性的不会消失，这两种情况都伴有突发剧烈腹痛，严重者伴有休克症状。应该注意腹痛的，有不适感及时到医院就诊，没有不适也不要为囊肿担心。
生理性囊肿，一般发生在排卵期。卵巢排卵后，黄体形成黄体囊肿，会引起卵巢增大，B超检查有囊肿。一般在月经来潮干净之后，囊肿会消失，这是一种生理现象，是正常的。但是如果囊肿比较大，长时间的存在，或者伴有腹痛，异常阴道出血。需要排除卵巢病理性的囊肿，是需要治疗的。第一次发现有小的囊肿，可以观察监测3-6个月复查一次。
一般情况下，生理性的卵巢囊肿是由于女性在月经周期中出现了卵泡的发育过度，或是由于黄体的生长太大而导致的，具体分析如下：
正常来说，这个生理上的囊肿在一星期内就会自行消退。女性来月经后要做常规检查，一般不需要做特别的治疗。而病理性囊肿在经期过后会一直存在，不会自行消退。女性经期过后做B超检查，可以明确诊断为生理性卵巢囊肿。
生理性卵巢囊肿可能会有腹部肿物、小腹疼痛、月经失常等症状及表现，有些患者可能还会出现压迫症状。
1、腹部肿物：患者按腹部可以发现腹内肿物、腹胀不适，或在妇科检查时发现附件肿块。
2、小腹疼痛：卵巢囊肿患者感觉腹痛，尤其忽然发生者，多系囊肿蒂发生扭转，偶或为囊肿破裂、出血或感染所致。
3、月经失常：一侧卵巢甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经失常。而月经失常患者常伴有卵巢生理性囊肿，如卵泡囊肿等，部分患者会因卵巢囊肿影响卵巢的内分泌功能而出现绝经后出血的现象。
4、压迫症状：如膀胱受压，可引起尿频、尿急、排尿困难或尿潴留；如压迫消化道，可引起上腹不适、食欲减退、下坠感或排便困难。