卵巢囊肿可采用卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术等手术治疗。可根据患者的囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能等因素而定。恶性卵巢囊肿可术后腹腔内注射化疗药物治疗。
卵巢囊肿有两种类型，一种是生理性的，一种是病理性的。需分情况讨论：
1.生理性：生理性的卵巢囊肿，通常不需要特殊治疗，一般来过月经之后，囊肿会自动消失。这种囊肿是因为受到激素水平波动的影响而暂时性发生，来过月经之后，自己会消失。
2.病理性：病理性的卵巢囊肿，如果没有明显的症状，直径小于五公分，可以先定期观察，暂不手术治疗。若囊肿直径超过五公分，伴有明显的症状，例如有腹痛、不规则的阴道流血、不孕的症状，患者一般需要接受手术治疗，通常预后良好。
如果囊肿发生蒂扭转，则有严重腹痛腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。一般大于5公分需要手术治疗，五公分一下保守治疗，炎症引起的抗炎治疗后会消失的，一般问题不大，属良性的。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
如果是比较小的卵巢囊肿，患者吃中药有一定的效果，某些中药有抑制卵巢囊肿生长的作用，可以使卵巢囊肿缩小，可能会治愈，具体的用药方案或中药药方，建议咨询中医医师来确定。但对于超过五厘米或者恶性的卵巢囊肿患者，属于较大、较严重的情况，服用中药通常是没有效果的，部分西药的治疗一般效果也不明显，而需要及时进行手术治疗。
卵巢囊肿的治疗取决于囊肿的大小和症状。有必要在所有方面采取保守的药物治疗或选择性手术。对于对内分泌影响较大的多种囊性疾病，进行手术治疗。对于小单囊肿可能是生理性的，所以可能是自我恢复，定期复查彩超等，囊肿也可以在选择中医治疗方面有一定作用。