囊肿直径小于5厘米，没有明显不适的症状可以暂时不做处理，随着月经的来潮之后会自行消失，可以在月经干净后彩超复查，排除是生理性的卵巢囊肿。也可以在医生的指导下用药观察。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。
腹围增粗、腹内肿物是主诉中最常有的现象。腹痛如肿瘤无并发症，极少疼痛，月经紊乱一般卵巢，甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经紊乱。
卵巢囊肿大多数是不容易怀孕的，就是怀孕了也容易引起畸胎瘤。卵巢囊肿导致女性不孕。卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，而各个不同阶段的卵泡在卵巢皮质，若卵巢遭受到破坏，使卵子发育、成熟及排出受损，就会导致不孕。在怀孕之前一定要先治疗。
双则卵巢囊肿若是不经手术医治，是很难怀孕的，即使怀孕了也容易导致流产，所以要尽快到当地正规的三甲医院进行医治，平时要多吃水果蔬菜，多喝水，不要吃油腻辛辣刺激性的食物，平时还要多注意锻炼，增强身体素质。
手术治疗，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除等后是卵巢囊肿的手术治疗方法。药物治疗：药物疗法治卵巢囊肿疗效停留在缓解症状层面，中医治疗：目前，中医治疗卵巢囊肿已经获得一定突破，大部分囊肿经过一段时间的治疗可以控制或者缓解病情，但是，疗效多停留在缓解症状层面上，很难进行彻底的治疗。