早期的宫颈囊肿治疗方法包括冷冻、激光、微波等。除了传统的物理疗法，女性也可以选择使用微创疗法进行治疗。在使用物理疗法治疗疾病时，女性也可以选择使用药物进行辅助，这样治疗效果会比单纯的使用物理疗法或者是药物治疗效果更明显。
早期的宫颈囊肿是能治好的，治疗需要看严重程度，如果没有不适症状，囊肿较小，定期复查就可以，如果囊肿较大，或者伴有少量出血，一般建议手术，要进一步做宫颈癌的筛查。
宫颈囊肿可通过以下方法治疗：
宫颈囊肿是慢性宫颈炎的一种表现，患者多表现为在宫颈表面突出多个大小不一的青白色囊泡，内含黏液。根据囊肿严重程度的不同，选择的治疗方式也会有所不同，比如患者是轻度的囊肿，并且没有任何临床症状，这种情况一般是不需要进行特殊治疗的。但如果患者的囊肿较为严重，则需要考虑进行手术切除的方式来治疗。
无症状可以观察，定期宫颈刮片（TCT）；或者用针刺破，涂以碘伏；伴发炎则予以抗感染治疗；也可物理治疗，如微波、激光、冷冻、电熨等。如不伴发其他情况，建议注意外阴的清洁卫生，避免炎症感染。
行TCT检查，若只是提示轻度炎症，则无须治疗，平时注意个人卫生和性生活卫生，每年复查一次TCT就可以了。若是严重了，就可以行手术治疗，可以先将其刺破，之后再用激光，冷冻等方法将其烧掉。
对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。对于散在的比较小的宫颈腺囊肿不需治疗，只要每年检查即可。