巧克力囊肿要到正规的三甲医院进行诊断，根据不同的病情来制定合理的治疗方案，接受系统、科学的治疗，只有对症治疗才会提高治好的几率，千万不要盲目去治疗，以免加重病情。
该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉影响冲任致使经血不调，运行不畅胞，宫失养痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键所以，要慎重根据自身的状况来选择治疗，治疗时需要去正规大医院。
要去治疗巧克力囊肿的专科医院，或者是治疗囊肿的专科医院都可以，这些医院的设备和仪器，都比较先进，而且，大夫的经验，相对来说比较丰富，更利于治疗巧克力囊肿的治疗和效果。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
需要三个月左右才能治好。巧克力囊肿是子宫囊肿的一种，属于良性病变，会伴随有增生、转移、复发等情况的出现，而且会造成痛经、月经失调等，因此建议还是及早治疗比较好，需要服药三个月左右进行巩固治疗，另外需要随时复查。
巧克力囊肿手术后可以积极选择按摩脐周，以及配合萝卜汤等帮助排气较好，术后避免着凉，平时营养均衡多喝水，放松心情，多补充蛋白质如鸡蛋、鱼等，增强抵抗力，同时可以多吃一些水果和蔬菜，补充维生素。