内分泌因素：内分泌失调对囊肿形成有重要影响。输卵管阻塞：输卵管发生气质型病变，发生堵塞现象，则排不出去的卵子堆积在卵巢内，就形成了巧克力囊肿。性生活频繁：性生活频繁也是导致卵巢巧克力囊肿的重要原因。流产过多。
卵巢内的经血越积多，会形成囊包，外观呈巧克力糊状，是形成卵巢巧克力囊肿的原因。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发进行破裂，再经前期性生活，粗暴或剧烈时会导致囊肿破裂。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
跟肥胖，压力大，休息不好，内分泌紊乱等方面有关，有性激素水平异常，排卵障碍，月经紊乱等症状表现。女性月经期一定要杜绝性生活。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。