宫颈囊肿可以使用LEEP刀、凝固刀射频消融术治疗，要定期宫颈刮片（TCT），或者用针刺破、伴发炎症则相应治疗炎症，也可物理治疗，如微波、激光、冷冻、电熨等。还可使用阴道镜检查或LEEP等治疗。
宫颈的上皮细胞，随着体内的雌激素水平的高低会出现变化，宫颈纳氏囊肿不会影响怀孕。如果宫颈囊肿比较大或多发，或引起白带异常的症状，需要进行治疗。可以做微波、利普刀、冷冻、激光等物理治疗，在月经干净后三到七天可以做治疗，治疗以后一个月内不要性生活，治疗后要注意复查。
宫颈囊肿通常不需要进行特殊处理，但若宫颈囊肿或过大或囊肿数量过多，可以切开引流。也可局部用清热解毒类妇科洗剂冲洗宫颈，宫颈囊肿是子宫颈腺体发生的囊肿，大多数情况下是子宫颈的生理性改变，子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺口或深入腺管将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿，子宫颈局部损伤或子宫颈慢性炎症使腺管口狭窄也可导致子宫颈腺囊肿形成。
宫颈囊肿大多数都是由于宫颈慢性炎症，使宫颈表面腺体阻塞引起，因为女性阴道与外界环境相通，每个月要来月经，还要参与性生活，就容易细菌病毒感染。对于宫颈囊肿的治疗，如果是单发的小囊肿，宫颈表面光滑，宫颈脱落细胞学检查无异常，可以随诊观察，也可以阴道上相关药物治疗；如果是多发那氏囊肿，可以选择消融术治疗，或者是利普刀治疗。
子宫颈囊肿大多数一次宫颈的生理性变化，子宫颈囊肿是由于子宫颈后口腺体阻塞导致，分泌物流出受阻导致，通常没有自己的症状，是在体检时发现。可以做tCT检查，如果tCT检查没有异常，子宫颈囊肿可以不治疗，暂时观察，可以每年应该定期复查。