如果卵巢巧克力囊肿直径小于六厘米，可以暂时不予治疗，但是要按时复查，防止进一步变大。重要的是做好计划生育，减少流产次数。当大于六厘米就需要考虑手术来治疗了。没有达到手术指征的时候，可以通过中医的方法进行治疗。
如果卵巢囊肿大于五厘米就容易发生扭转，破裂或者感染，那就需要急症手术治疗，如果现在还不到五厘米，定期做B超复查，平时注意多休息，避免熬夜劳累伤神，要保持良好的心情。
超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
一般囊肿大于5厘米考虑是需要选择手术，囊肿接近5厘米的情况，暂时还不用手术，可以先用中药调理一段时间平时要避免劳累剧烈运动，避免油腻辛辣刺激饮食，过一段时间再复查一下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，再考虑手术处理剥除囊肿。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性。所以发现巧克力囊肿后，一般都会查CA125、CA199这两个肿瘤指标，假如肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大时，则怀疑恶变，必须尽快手术。但如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。