现代医学一般采用手术切除囊肿，痛苦大，潜在风险高，费用也高，恢复缓慢，易感染，对工作，学习和生活有一定影响，放疗，化疗易损伤正气及机体正常细胞，使免疫功能降低，痛苦较大，费用也大，激素类药物易引起肝，肾等其他脏腑功能正常，也会对药品产生依赖性。对卵巢囊肿的治疗基本上分为保守疗法和开刀抽取疗法。
目前国内外医学界针对卵巢囊肿的治疗、采用最多的就是用奥洛克超微创技术治疗、通过高技术、医生能一目了然、清楚直观地发现卵巢囊肿并施行手术、检查、治疗同时进行、将创伤减低至最低限度、安全精准超微创技术与传统手术相比、不需要开刀、损伤小、术后恢复更快、是痛苦最小的卵巢囊肿治疗方法。还可以吃药治疗。
卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性的囊肿两种。生理性不需要治疗，可以自行消失。病理性卵巢囊肿需要药物保守或者是手术治疗。卵巢囊肿的预防不能有过多的精神压力。要有良好的心态应对压力，劳逸结合，不要过度疲劳。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。