巧克力囊肿用激素治疗最有效。由于巧克力囊肿是激素依赖性的疾病，因此建议用手术和激素来治疗此病。激素治疗也被称为假孕疗法，治疗时主要是让病人出现假性闭经现象，然后按照怀孕期来用激素，使症状得到缓解，但激素治疗只能暂时缓解症状。
力囊肿是子宫内膜异位。中医认为有经血瘀阻，气滞不畅，子宫寒凉，肝肾虚弱，脾虚，血虚，湿热湿浊等有关。建议到正规医院检查确诊后针对病因进行治疗。也可以找有经验的中医辨证用中药治疗，生化颗粒等。
目前卵巢巧克力囊肿比较大，需要做手术处理。术后是否会复发，因人而已，需要复查着看。放松心情，避免心理压力过大，注意休息，避免剧烈运动，不要吃辛辣刺激性食物，遵从医嘱，积极配合医生治疗。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。