卵巢囊肿如果比较小，不影响生育；如果比较大，影响生育。
卵巢囊肿如果比较小，而且是生理性的，一般不会影响生育，不需要太担心。如果是病理性卵巢囊肿，并且卵巢囊肿比较大，可能会导致怀孕的几率下降，但是一般不会导致不孕。如果双侧都有很大的囊肿，就会导致卵巢无法排卵，从而导致不孕。
建议有卵巢囊肿的女性，无论是否影响生育，建议及时去医院妇产科就诊，必要时进行手术治疗。
左侧卵巢囊肿是否会影响生育，需要根据囊肿是否会影响卵巢排卵决定。
如果是单纯性卵巢囊肿不超过5cm，那么在来例假后就会自行消退，不会对排卵造成任何的影响。卵巢巧克力囊肿、囊肿比较大，没有正常的卵巢组织，会影响到卵巢的排卵，从而影响到生育。另外，卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，会引起输卵管粘连、盆腔粘连，从而影响输卵管输送精子和卵子，从而引起不孕或宫外孕。
左侧卵巢囊肿可能影响生育，但是不大。
人体的卵巢位于身体的两侧，即便是左侧卵巢囊肿持续增大，可导致分泌卵细胞出现异常，还会由右侧的卵巢囊肿来分泌卵细胞的。但是也要注意观察身体的激素水平是否异常，如果有卵巢囊肿的同时伴有激素水平失调，就可能会影响到双侧卵巢排卵，患者就要及时进行调理了，否则很可能会导致出现不孕不育等情况。
卵巢囊肿手术不影响生育，囊肿比较小，如果有生育要求，可尽快怀孕，这样囊肿会自己吸收，也就不治自己可以好的。若无生育要求，应该采用中医保守治疗。因此病为代谢性质的疾病，即使手术，复发几率也是非常大的。
卵巢囊肿手术一般不影响生育，一般医生会考虑行卵巢肿瘤剥除术时，尽可能保留部分卵巢组织，以维持月经及生育功能。若不能保住卵巢，对以后的生育产生影响，医生会通知的。
卵巢囊肿手术后如果囊肿较大，并且已经引起影响了输卵管的输卵。在手术时，并且将输卵管一并切除时，有可能会影响病人的生育功能。如果是单纯的囊肿，并且不大通常不会影响病人怀孕。