婴儿肛瘘可以先切开排脓，也可以做一次的切除的手术。婴儿肛瘘的发病率较高，常见于男孩，部分患儿随生长发育可自行愈合，一般不主张及时做手术。应对症处理，每日清洁肛门并坐浴，适当使用抗生素及外用药膏，消炎消肿，控制和减少脓肿的发生，加速自愈。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
婴儿肛瘘手术时间是年龄越大越好，婴儿肛瘘如果局部症状疼痛不明显，可以暂时保守治疗。生活中注意护理，给孩子多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，注意局部卫生，孩子大一些，可以手术治疗。
肛瘘主要是会出现肛周有红肿并且有分泌物的现象。一般也可以通过直接观察小孩子周围肛门有没有什么异常。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，肛瘘一旦形成，很难自愈，手术即是首选治疗.肛瘘源于肛腺的化脓性感染，波及肛周组织和器官，在肛管或直肠部位形成病理性通道.一旦确诊肛瘘，即应手术治疗，并且要及时治疗。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。