可以调整新生儿肠道菌群的紊乱，如果新生儿有肠道菌群紊乱，就会出现腹泻、腹痛甚至呕吐等症状，有助于胃肠功能紊乱的恢复，新生儿吃益生菌，也可以预防和治疗新生儿鹅口疮的发生。因为新生儿之所以出现鹅口疮，常常是由于口腔内的白色念珠菌滋生引起的。
益生菌是能够调解胃肠道功能的，孕期是很容易发生便秘的，所以适当的吃一些益生菌能够预防和缓解便秘的情况。平时饮食也要注意调整，也可以做到预防便秘，比如多吃些新鲜的水果和蔬菜，还有多喝水才会不轻易的上火。益生菌虽然是能够帮助缓解便秘，但是如果没有什么特殊不适的症状，尽量还是不要补充益生菌。
新生儿益生菌可以在饭后吃。
益生菌能够改善新生儿的便秘、消化不好等，但是益生菌的种类不同，益生菌一般包装上都有具体的说明，益生菌尽量饭后吃，吃的时候水温不能过高，一般冲益生菌的水温40℃以下，水温过高益生菌的效果就不好了。如果宝宝的便秘症状减轻或者腹泻症状减轻，可以停止药物的应用，等到有症状以后还可以进行补充，益生菌能改善消化不好的情况，促进胃肠功能的吸收和消化功能。
根据疾病需要，新生儿可服用益生菌。
益生菌常用大多是双歧杆菌，新生儿伴腹泻，肠道菌群紊乱可酌情口服双歧杆菌治疗，包括新生儿黄疸还可口服双歧杆菌缓解黄疸肠肝循环，并实现褪黄。另外，新生儿在出生后一周之内会有一定程度的免疫力降低，如果能够及时补充一些益生菌就可以起到保护作用。新生儿在口服益生菌时，应到医院，医生决定是否口服。
新生儿一般在出生就可以吃益生菌，建议在进食后一小时左右吃。
如果新生儿存在有早产、喂养不耐受、新生儿黄疸、出现腹泻、便秘、腹胀等消化道症状，或有过敏等情况，都是可以适量服用益生菌的。其需要在医生指导下使用，以免导致新生儿出现不适症状。健康新生儿一般不用补充益生菌。益生菌是对机体的健康产生有益作用的活性微生物，但是过多补充益生菌也可能会导致小孩出现有益菌群过多。
新生儿拉肚子是否可以吃益生菌，需要根据病因而定。
如果是因为肠道菌群不正常，那么可以新生儿拉肚子可以吃益生菌。如果是因为功能性的消化不良或是肠炎，可以口服一些抗肠痉挛的药物，也可以口服头孢拉定颗粒，还可以口服蒙脱石散，防止脱水。此外，新生儿在出生后的两周内要注意多吃一些维生素ad，以防止发生驼背。满月后多晒日光，有利于钙的吸收。
