小儿发烧灌肠对于孩子的伤害，直肠内有它固定的生理环境，这样会造成直肠内的微环境的影响。如果长期或者多次用药物灌肠，会导致直肠黏膜、直肠的酸碱度，还有直肠壁的分泌吸收功能和生理环境发生改变，损伤肠道。其次是肠道内还有很多的细菌，很可能会随着灌肠液进入到肠道深处，造成污染，尤其是一些抗生素灌肠液，有可能会杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，继发感染而出现腹泻。小儿发烧灌肠危害很多，所以给小儿发烧灌肠，一定要特别注意要综合评估小儿的整体状况看是否可以耐受。遵循医嘱，尽可能的采用物理降温疗法，或者服用一些小儿退烧药物，尽量不采用灌肠的方式。
小孩发烧的时候进行灌肠治疗，主要的作用是进行退烧，不仅退烧的速度快，而且退热的持续时间也比较长，对于孩子的胃肠黏膜损伤也比较小。灌肠的时候，如果操作比较粗鲁，容易造成孩子直肠黏膜或者是肛门损伤，还有可能会感染。操作的时候要轻柔。
一般孩子发烧，不建议灌肠降温，因为直肠有固定的生理环境，若多次使用药物灌肠，可能会破坏直肠的酸碱度从而损伤肠道，肠道内还有很多细菌可能会随着药物进入肠道深处，从而造成进一步的感染，同时药物也有可能杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调。
一般情况下，发烧打针不能绝对说好或者不好。如果小孩发烧是手足口病引起的，通常可以打针，如使用干扰素肌注，对改善病情有一定的好处，如果小孩口服了退热药后体温仍降不到正常的体温，这种情况下通常才会用赖氨匹林肌注，其他情况通常不建议打针。建议家长平时应注意给小孩保暖，避免身体受凉，并外出时做好保护措施，以免出现发烧的情况。
建议带孩子到医院口腔科检查一下，近期避免进食辛辣刺激性食物，勤刷牙漱口，保持口腔卫生。尤其不能精神紧张、情绪抑郁。还要注意休息.多喝水.多补充维生素。积极应用退烧药物并应用药物调节胃肠功能紊乱。