感染疱疹性咽峡炎病毒后，病毒会先潜伏在患儿体内2到4天，在病毒潜伏的这段时间内，孩子一开始不会有异常表现，接近潜伏期结束时，会有轻微的感冒症状，随后便进入了小儿疱疹性咽峡炎的急性发病期。
一定要及时地去五官科做个咽喉部检查，根据检查结果积极采取治疗措施，可以给孩子吃一些抗病毒的药物，其间多给孩子喝水，这段时间室内多通风，不要去人多的公共场合，这样容易加重孩子炎症的情况。
疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的疾病，疱疹性咽峡炎是一种急性传染性、发热性疾病，是由许多A组柯萨奇病毒，偶尔也有其他肠道病毒所引起，其特点为疱疹性溃疡性粘膜损害。特征为急起的发热和喉痛，在软腭的后部、咽、扁桃体等处可见红色的晕斑，周围有特征性的水疱疹或白色丘疹。
疱疹性咽峡炎大多是由柯萨奇病毒引起的。
疱疹性咽峡炎是夏秋季多发的，具有传染性的呼吸道感染性疾。疱疹性咽峡炎的常见症状为突然出现高热、咽痛、食欲差等。体格检查会看到咽峡部散在的灰白色疱疹，周围有红晕，疱疹面积可扩大，表面覆盖脓性分泌物，常常合并细菌感染，咽部明显充血。
家长要注意保持宝宝的口腔清洁，可以口服抗病毒药物，局部喷洒干扰素进行治疗。家长要注意给宝宝清洗手，戴口罩，流行季节避免去公共场所。
一般病程3-5天后体温就逐渐正常了，预示着疱疹性咽峡炎马上就恢复了。疱疹性咽峡炎主要是带状疱疹病毒感染引起来的上呼吸道炎症，主要以咽峡部局限性炎症为主。咽痛、发热以及咽峡粘膜疱疹的表现。根据病毒感染的强弱以及患儿体质的不同和疾病进展，体温是随时波动的。一般早期炎症反应期会出现发热、甚至是高热，随着病毒毒素反应的减弱以及病情的好转，体温会逐渐的恢复正常。
可能是发生后体内缺水引起的刺激性咳嗽，疱疹性的咽峡炎也会出现咳嗽，只是咳嗽的症状并不是很严重，可以口服消炎药来治疗，如果出现白细胞的升高，说明合并细菌性的感染。