一般原发性闭经的分类有三种。
对于闭经，WHO首先分为1型，就是不能分泌内源性雌激素，FSH的含量为正常或低于或低于，而促乳素（PRL）含量则为正常；II型是产生雌激素，FSH和PRL均为正常；III型是FSH增高，说明可能存在卵巢功能衰竭的情况。女性出现原发性闭经后，应注意及时就医明确实际原因。
通常情况下，闭经可以分为生理性闭经和病理性闭经两大类。具体分析如下：
生理性闭经一般是指少女初潮以后，一段时间会出现月经停闭，一般必经的周期为一年，无需治疗，这属于正常现象。另外一种正常闭经是指怀孕以后的闭经，怀孕以后月经停闭，并伴随有厌食，恶心呕吐等早孕反应。还有一种是绝经期的闭经，当年龄到达一定程度之后，进入了绝经期。病理性的闭经一般有多囊卵巢综合症，席汉综合症等等。
原发性闭经是女性在14岁以上，无任何生理期和二次性征的发展，比如胸部的生长，外阴阴毛和腋毛的生长，体内的油脂增加等，如果是16岁以上，出现了二性征，没有来月经。
这是一种常见的先天缺陷或者是生殖系统的畸形，比如先天性的卵巢发育不全，大约有35%是原发性的闭经，而在这些先天性腺的发育不全中，有75%的人会有染色体异常。所以，在确诊为原发性闭经的年轻女性的同时，要进行染色体的核型检查，排除染色体异常导致的闭经。
月经是受下丘脑一垂体一卵巢一子宫轴调节的，如果其中任何一个环节出现了问题，都会导致月经和排卵异常。想要正常的顺利怀孕，有正常的排卵才可以的，原发性闭经就很容易导致不排卵，顺利怀孕的可能性不大。
闭经部分由精神心理因素引起，除伴有不来经表现外，很可能会伴有身体上某些精神方面症状，比如腹痛、潮热等。如节食或服用减肥药过多引起闭经等，也有可能并发极度营养不良等表现。如刮宫或人流引起闭经等，有些小腹胀痛或腰酸腰痛的可能性，月经血不易排出阻塞等几种表现。若是由于一些器质性病变摘除子宫而导致闭经者，很可能伴有潮热出汗和其他更年期某些症状。
