一般来说，顽固性霉菌性阴道炎，其治疗方法和单纯的霉菌性阴道炎是一个道理，主要是通过药物治疗来达到根治的目的。
顽固性霉菌性阴道炎是由假丝酵母菌感染所致，所以，必须要用到抗菌药物。首先，可以口服氟康唑，第二步是进行阴道局部涂药，常用咪康唑制剂、克霉唑制剂、制霉菌素栓等。同时，病人也要按照医生的指示用药，配合治疗，建立自信，才能更快的康复。
一般情况下，对患有顽固性霉菌性阴道炎者，可综合应用各种治疗方法，并适当延长疗程。
可以使用红核洗液加妇炎洁洗液行外阴及阴道冲洗，必要时加用碘伏以保持阴道清洁，也可口服克霉唑栓剂作辅助治疗。对于患有慢性宫颈炎以及宫颈糜烂者，则需要对其采取物理性治疗，如红外线照射、紫外线辐射等。治疗过程中应避免同房，保持饮食清淡，并注意清洁卫生。
霉菌性阴道炎本身就是很容易复发的，要提高免疫力，不要乱用抗生素，在用药治疗化验呈阴性后，还要继续巩固两个疗程。顽固的霉菌性阴道炎，需要去医院检查血糖，高血糖的妇女容易合并霉菌性阴道炎，需要治疗原发性疾病。在使用药物时，主要使用一些抗真菌药物。应该定期出去锻炼，增强身体的抵抗力，少用清洁液清洗阴道，以免破坏阴道菌群。
顽固性霉菌性阴道炎患者在临床实践中对医生及患者造成了极大的困扰，因此在治疗中必须注意以下几点才能达到根治：
1、是进行阴道分泌物训练，进行了霉菌+药物敏感试验培养，临床上以试验室检查结果为准，然后有针对性地使用药物，从而实现有效治疗。
2、对反复发作霉菌性阴道炎患者，然后，性伴侣还应同时进行用药治疗，从而避免了日常生活交叉感染并导致反复发作。
3、一些生活习惯需要改变，如患者衣裤，特别是内衣内裤，必须与健康人单独洗涤，并且袜子不可以和内裤放在一起清洗。
4、在家里不要把自己的房间弄得乱七八糟。
患者出现霉菌性阴道炎的情况，可以选择清热解毒，除湿等功效的中药进行治疗。如果患者患有霉菌性阴道炎，从中医方面来说，主要是体内湿热过重导致的阴道内菌群失调出现的症状，常见的表现是白带增多，外阴瘙痒，外阴灼热刺痛，典型豆腐渣样性白带。患者可以在医生的指导下选择地肤子、艾叶、白鲜皮等进行熬水进行外阴熏洗，还可以吃茯苓、黄柏等药物，可以起到清热除湿、杀虫止痒的作用。
霉菌阴道炎通常不会导致月经失调或推迟的。
霉菌性阴道炎只是局部病变，不会影响月经的情况，不会导致月经的改变，不会使月经提前或者推迟，因为月经主要是受中枢或内分泌调节产生的，主要是子宫内膜脱落。若患者同时有月经推迟或者月经失调，并且伴随着有霉菌性阴道炎的情况，建议不要过于慌张，他们两个疾病之间没有必然的关联。