通常情况下，脑干梗死可以通过手术治疗、理疗、使用药物等方式进行治疗。
脑干梗死病人会有眩晕、身体失衡、吞咽困难、喝水呛咳嗽等症状。若有吞咽障碍、饮水呛到，短时间内无法康复，则需将胃管切开，并保持胃管内营养，给予鼻内喂食，待病情平稳后，再进行平衡训练和针灸。病情较重的时候会表现为肢体瘫痪、肢体瘫痪等症状，大部分病人还会伴有颅内压力升高和脑积水，可以采用醒脑静、醒脑、甘露醇、甘油果等药物进行醒脑。
一般情况下，基底动脉闭塞脑干梗死，通常是大范围的脑干梗死。这种情况比较严重，可能会有肢体瘫痪、精神障碍等情况，会导致呼吸、血压、心跳、血氧饱和度降低。需要进行心脏监测，如果病人有不稳定的情况，可以使用呼吸机。在出现严重的精神症状时，可以给予醒脑宁、安宫牛黄丸、复方麝香等药物。
在病情平稳后尽快进行康复训练，主要有吞咽、四肢功能、针刺等。平时多注意低脂低盐清淡饮食，促进血液循环、末梢神经功能恢复。
观察枕三经针刺治疗小脑脑干梗死所致眩晕的临床疗效。方法：将80例病人随机分为2组各40例，2组均按指南常规治疗，对照组在此基础上加用常规针刺治疗，治疗组在指南常规治疗的基础上加用枕三经针刺治疗。
一般来说，脑干损伤可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
针对出血引起的脑干损伤，建议通过手术的方式进行治疗；也可以用甘露醇进行脱水治疗，缓解症状；针对外伤或炎症引起的脑干损伤，可以在医生的指导下应用单唾液酸四己糖，神经节苷脂等药物，配合抗生素，糖皮质激素进行治疗。在日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
脑梗死的治疗方法包括一般治疗、药物治疗、手术治疗等，需在医生指导下进行。
1.一般治疗：包括卧床休息、加强皮肤、口腔、呼吸道及大小便的护理、注意水、电解质的平衡等。
2.药物治疗：根据病情使用溶栓药物如阿替普酶，抗血小板聚集药物如阿司匹林，神经细胞保护药物如依达拉奉，以及中药化瘀丸，具有益气活血、化瘀通络的功效，可降低血液黏稠度，抑制血小板聚集，能够较好地促进患者脑血管通畅，恢复脑细胞功能。
3.手术治疗：如果脑梗死影响脑干功能或引起脑脊液循环阻塞，可行后颅窝减压术来解除脑干压迫。大脑半球的大面积脑梗死的患者可行开颅减压术或部分脑组织切除术。
