甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。
治疗甲状腺炎通常应对症用药。
不同的甲状腺炎症需要用到不同的药物，比如亚急性甲状腺炎，属于自限性疾病，主要表现为甲状腺疼痛、肿大、发热。急性甲状腺炎常用的消炎止痛药物有糖皮质激素和非甾体类消炎止疼药物，如吲哚美辛片、醋酸泼尼松片等。细菌感染与急性化脓性甲状腺炎有一定的关系。建议患者先到正规医院做详细检查，确定病因，对症治疗，不可盲目用药，以免耽误病情。
甲状腺炎好治疗。
急性化脓性甲状腺炎等，系细菌感染所致，需抗细菌治疗；甲状腺腺瘤为良性肿瘤，一般不用抗菌素治疗，但也有一些病人可以应用抗生素进行辅助治疗。亚急性甲状腺炎的病因为病毒感染，轻度对症处理，严重患者使用激素治疗；甲状腺腺瘤为良性疾病，一般不需手术治疗。慢性甲状腺炎分3个时期，即甲亢时期、稳定期与甲减期，甲减期需使用优甲乐代替治疗，其它不需处理。甲状腺功能亢进患者容易出现并发症。因此甲状腺炎是好治的。
甲状腺炎该不该治，要诊断究竟是何种甲状腺炎，各种甲状腺炎，处理方法及处理后病情不一。以及甲状腺炎能不能治好，还要根据甲状腺炎的情况、具体种类来决定。
对于慢性的甲状腺炎来说，一般都属于亚临床型的甲状腺结节或者是良性病变。如亚急性甲状腺炎，病人这种病有其自限性，一般都能痊愈，但最后甲状腺功能还可能留下永久性甲减，但例数较少，这可能是百分之5%至10%的比例。对于慢性甲状腺肿块，这种病症属于亚临床甲状腺炎的范畴。如自身免疫性甲状腺炎等，有的最后发展到甲减，需终身甲状腺激素替代治疗。
桥本氏甲状腺炎的病人应到内分泌科进行规范的求诊。
桥本氏甲状腺炎为内分泌科较为多见的甲状腺自身免疫性疾病之一，由遗传因素与环境因素交互作用而形成，具有一定家族聚集性，常见于妇女，故妇女激素可能和本病的发病有关。其临床特征多样，可能与甲状腺自身免疫过程相关的基因较多，其具体病因目前尚不十分明确，因此甲状腺炎目前尚无特异性治疗手段。
大多数病人无需处理，诊断后需随访观察。临床上存在甲减的患者主要是对甲状腺功能减退采用甲状腺激素的恰当替代治疗。