一般不用治疗。患者每年定期到正规医院做彩超，监测囊肿发展，一般对肾脏功能不会产生多大的影响。但是如果当囊肿长得足够大的时候，就可能会对正常的肾组织产生挤压作用甚至影响到肾功能。通常可以考虑做穿刺抽液把囊肿里面的液体抽掉，然后注射无水酒精硬化囊肿，达到缩小囊肿的目的。
艾灸是不能治疗肾囊肿的，药物也不能治疗肾囊肿，肾囊肿的发病的原因是扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
肾囊肿用治疗。单纯的肾囊肿一般没有症状，对肾脏功能和周围组织的损伤也比较小，所以说一般不需要治疗，但是建议每半年到1年复查一次泌尿系的B超。如果囊肿直径比较大，超过5个cm，或者是产生周围组织的压迫，则建议行囊肿穿刺引流术，或者是囊肿内注射硬化剂。如果囊肿直径比较巨大，直径超过10个cm，或伴发囊肿内出血、尿路梗阻建议进行手术切除。
肾囊肿目前临床上可以通过介入或腹腔镜的方法来进行治疗，会取得良好的治疗效果。肾囊肿一般有囊壁和囊内的囊液组成，囊壁通常光滑，囊液一般透亮。较大的肾囊肿通常会压迫肾实质，造成肾皮质变薄、萎缩。还会引起腰部胀痛等症状。
肾囊肿主要是先天发育导致的，一般直径不超过五公分，对身体没有什么影响，也不需要特殊治疗，如果囊肿体积比较大，疼痛症状严重，如果囊肿巨大，直径超过10cm则可能需要手术治疗。