急性肾小球肾炎：以控制高血压、消除水肿为主，常用降压药、利尿药。同时兼顾身体其他状况，如有无水电解质紊乱、肾功能损害等；慢性肾小球肾炎：常用ACEI或者ARB类药物，减轻蛋白尿、延缓肾功能衰竭。严重者使用激素、免疫抑制剂，此类药物副作用较大，应在医生的指导下服用。
肾小球肾炎的治疗需要确定病人是急性肾小球肾炎还是慢性肾小球肾炎。对于急性肾小球肾炎，通常治疗链球菌感染。大多数病人在三到四周内恢复。慢性肾小球肾炎通常需要肾活检。根据24小时尿蛋白定量，肾活检病理决定是否使用激素或激素联合免疫抑制疗法。
基本是吃药物治疗。分急性肾小球肾炎和慢性肾小球肾炎。急性肾小球肾炎，看血象是否高于正常，决定是否给予抗菌药物治疗，同时给予改善肾循环等治疗。如治疗2月不见好转，甚至病情恶化，可以肾穿刺活检明确病理类型。
目前临床上隐匿性肾小球肾炎无法根治，但是如果病情控制很好的话一般预后比较好，平时监测血压，如果血压较高可口服降压药物，另外避免劳累，感染，着凉等。定期复查尿常规、肾功。
治疗上现在还是药物保守治疗为主的，再进行肾功能和肾小球滤过率，以及尿常规的检查，假如检查提示血肌酐没有超过256，则可以采用一些药物等进行保护肾功能，降低蛋白尿的治疗了。慢性肾小球肾炎疾病大多都是急性肾小球肾炎经久治不好演变而来的。
系膜增生性肾小球肾炎能根治疗好的，系膜增生性肾小球肾炎多发于青少年，可由感染引起，上呼吸道感染应用抗生素治疗，如头孢和青霉素；若有无症状性血尿和蛋白尿伴有高血压等症状，应用血管紧张素转换酶抑制剂治疗。