手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成型术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。术后肾积水及肾功能会有所改善。
肾积水只有通过经皮穿刺肾造瘘或者是把原发病治疗好了，才能够排出来。肾积水主要是由肾脏本身病变、输尿管梗阻、下尿路梗阻等原因导致的，如果合并症比较严重复杂，暂时不能治疗原发病，可以采取经皮穿刺肾造瘘手术的方法把积水引出来，减轻肾积水的病情和症状，从而减轻对肾脏的压迫，但是这只是权宜之计。只有积极治疗原发病，把原发病治疗好了，排尿通道通畅，肾积水自然就会顺输尿管排出来了。
可以口服药物促进肾积水的排出，通常肾结石排出后，肾积水也会改善，肾结石排出之后，肾脏梗阻解除了，肾积水便会排出，每天至少饮用3L水，并在睡前饮用至少1L水，提高排尿量，促进结石排出；不憋尿，防止尿液反流而引起尿路感染。
肾积水根本原因就是梗阻导致的，要排除肾积水，最快捷的方法就是解除梗阻，比如，如果是结石导致的，尽快碎石、清石，如果是输尿管肾盂连接部狭窄导致的，尽快解除狭窄，手术治疗，如果是炎症导致的，尽快抗炎治疗等。
如果出现了肾积水，首先就是要去正规医院进行详细的检查，明确到底是哪些原因引发肾积水出现的，造成肾积水的常见原因有肾脏的结石，输尿管的狭窄，结核侵袭等。这种疾病需要采取药物、手术等方法综合治疗，在消除病因的基础上，解除梗阻，改善肾功能。