衣原体感染选用有效抗生素治疗，有效治疗的疗程需7天-21天。经积极治疗，大部分预后良好。但其感染后获得的特异性免疫力较弱，持续时间短，易反复感染，清除不完全可造成持续感染。注意个人卫生，避免传染给他人；遵医嘱按疗程服药。
衣原体，只是说与细菌有差别而已，都只是一种常见的病原体，配合输液、给氧等一般治疗。对于合并症，如眼睑内翻、倒睫，尿道狭窄，女性不孕等，多需采用外科手术或其他综合治疗措施。
支原体和衣原体感染是一种性传播疾病。女性感染支原体和衣原体后，一方面容易引起非淋菌性尿道炎，另一方面容易引起宫颈炎和阴道炎，出现白带异常、外阴瘙痒等症状。这种现象需要抗生素进行抗感染治疗。在正常生活中，应该注意不要吃辛辣刺激的食物，多吃新鲜蔬菜和水果。
衣原体感染要看是哪个部位，如果是肺部衣原体感染，那么多表现为咳嗽，干咳等感冒症状。对于肺炎衣原体感染治疗上主要以氨基糖甙类抗生素为首选药物。另外可以应用止咳药物对症治疗，多饮水，多休息，多吃蔬菜水果。
衣原体感染可以通过口服药物、静脉注射等方式进行治疗。
1、药物治疗：如果发现有衣原体感染，可以在医生的指导下口服罗红霉素胶囊、阿奇霉素分散片等抗生素进行治疗。
2、静脉输液：如果病人的情况很严重，光靠上述方法是无法缓解的，可以通过静脉输液来缓解。
理论上来说支原体或者衣原体感染属于非淋球菌性尿道炎可以选择大环内酯类的药物治疗。治疗期间不能有性生活。平时注意休息，饮食宜清淡，避免辛辣和油腻，避免情绪激动和劳累。必要时可以去医院去进行相关的诊断，进行进一步的确定与治疗。
