智齿发生蛀牙时治疗前应评估病变智齿是否有保留价值，如果智齿没有对颌牙或智齿本身的位置不正确、有阻生等情况，将智齿拔除。如果智齿的位置正常与前面邻牙接触关系良好，与对颌牙咬合关系也正常或智齿发育条件较好，需利用智齿作为基牙修复缺牙，可以选择保留智齿。
智齿如果发生龋坏，先要看龋坏深度。如果龋坏不深，而且智齿萌出的位置、方向比较好，有对颌智齿和对颌的智齿有一个良好的咬合关系，可以发挥很好的咀嚼功能，不建议拔除龋坏的智齿。
当智齿出现蛀牙时，如果是小面积的龋坏，而且智齿是正位的，有对颌牙齿可以进行补牙，不需要拔除。如果智齿是大面积龋坏，可以将智齿拔除。但是如果智齿虽然有大面积龋坏，而邻牙有缺失也就是第二磨牙缺失，可以利用智齿和第一磨牙进行烤瓷冠桥的修复。如果智齿是阻生的出现蛀牙，需要拔除智齿。
如果智齿位置长得不好，而且发生了蛀牙，这种肯定要拔牙。对于好的智齿补还是拔要具体情况具体分析。智齿长在牙弓的后面，单纯的补牙比较好操作，但是做根管治疗会引起神经的炎症，达不到治疗的效果，这种如果不想拔牙，可以尝试保留。
先补其它蛀牙再进行拔智齿，智齿有阻生的状况也是需要进行拔除的，但是拔除智齿需要先控制急性的炎症反应。而牙齿发生蛀牙以后，会造成牙齿组织的持续性，进行性的破坏，所以是应该先进行补牙的。补牙之后避开炎症的急性期，择机拔掉智齿就可以。