种植牙的后遗症可能有种植体周围炎症，如果种植体周围炎症比较重时，会造成种植体周围骨吸收，骨吸收再加重会造成种植体脱落。种植体后在种植时，手术中没有进行种植创的严格清理，造成软组织长入种植窝。
穿孔是种植牙的重要后遗症之一，在愈合阶段，覆盖种植体的牙龈组织发生穿孔，究其原因可能为缝合时瓣的张力过大，缝合不良，或是缝线残留刺激肉芽组织增生;还可能为修复体的压迫，产生牙龈的褥疮性溃疡。另外，由于口腔卫生不良，菌斑刺激所致，此时牙龈组织尚无明显增生。
牙齿植入仍然有许多后遗症。例如，在牙齿植入过程中缝线太紧或太松，容易导致牙齿裂开。通常，是由植入医生操作不当引起的。粘膜下或皮下出血容易发生，主要是由于术后种植压力过大，造成粘膜骨膜剥离损伤大或术后压迫不良。它也能引起感染。
有后遗症，种植牙齿的费用一般比较高，种植时间比较长，也属于一种手术，可能会发生面部肿胀，发热，疼痛，牙龈的增生以及颌部和唇部的感觉异常。种牙以后不要吃太硬的食物。
种植手术一些副作用。手术后产生的不良反映，一般都是自身的免疫反映。术后有可能发生脸部肿胀，发烧，疼痛，以及肿胀带来的颏部和唇部的感觉异常，这些都是暂时性的，无需多虑。但以上现象持续，则需立即就诊。
种植牙是有后遗症的。后遗症主要有，病人术后反应比固定修复、活动修复稍大，形成肿胀、疼痛，尤其是上颌窦外提升术后肿胀面积较大部分病人术后可出现淤血、淤青或一过性鼻音；因为种植体属于机械固位，具有特定受力方式，由于病人咬合力、饮食习惯、生活习惯不同，其受力方式不同，长期使用种植牙后，可发生牙冠折断或种植体其它部件折断。