对于唇腭裂的原因来讲，引起发育和综合障碍的确切原因或发病机理现在尚未完全明了。大概通过实验和流行病学的观察以及调查结果，可分为多种因素影响的，而非单一因素所致。一般包括遗传因素和环境因素两个方面，并与营养、遗传、环境、内分泌等因素有关。
唇腭裂的发生和遗传有一定的关系，还和环境因素有关，在妊娠前三个月内，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，就可能影响胚胎颌面部的生长发育。孕期注意定期做孕检，注意休息，保持心情舒畅。
hcg一般指人绒毛膜促性腺激素，怀孕人绒毛膜促性腺激素翻倍慢的原因有异位妊娠、胚胎发育不正常、卵子的质量差等。
孕妇第二次做人绒毛膜促性腺激素检测，人绒毛膜促性腺激素翻番比较慢，可能是因为受精卵没有在子宫里着床，而是在输卵管里生根发芽，导致了异位妊娠，因为没有良好的生长条件，所以胎儿的人绒毛膜促性腺激素并没有增加。第二种情况是因为自身的胚胎发育不正常，或者是卵子的质量差。
引起唇腭裂的原因当属遗传因素，唇腭裂患者其直系亲属或旁系亲属中有类似畸形发生。同时环境因素也是引起先天性唇腭裂的原因，营养因素：营养因素也是一种比较严重的原因，很多孕妇在怀孕期间会出现呕吐的情况，之后会有不同程度厌食的情况，这时胎儿摄入的营养是不足的，所以造成维生素缺乏，在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。
遗传因素，唇腭裂的患者往往在其直系或旁系亲属中也可发现类似的畸形。营养因素，各种因素导致的孕妇维生素缺乏都会引起胎儿唇腭裂的发生。感染损伤，内分泌紊乱以及药物因素都会导致胎儿畸形。孕妇频繁接触x线或微波等，都有可能引起胎儿发育异常而导致唇腭裂的发生。有研究表明，吸烟饮酒也会造成胎儿唇腭裂的发生。
主要是方法是手术治疗。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。目前国内外公认唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。本病有一定的遗传性，预防的关键在怀孕的前三个月应该避免服用镇静类和抗癫痫类药物。