一般情况下，小孩起床口臭的病因基本与大人一致，如消化不良、口腔炎症等。具体分析如下：
通常来讲，消化不良，脾虚胃弱会对肠道功能带来损害，所以出现起床口臭。此外，如果平时小孩爱吃甜食，漱口习惯不及时养成，那么不仅会破坏脾胃的运化功能，还会对牙齿造成伤害。另外，如果孩子喜欢含着奶瓶睡觉，或者嘴巴里有其他食物，这些都会导致口腔炎症，细菌通过食物残渣腐蚀牙齿，导致牙周疾病。但只要保持良好的作息时间，健康饮食，此症状会很快缓解。
两岁多宝宝早上起床有口臭可能是有消化不良，腹胀，腹泻和便秘，脾虚胃弱，对水谷精微运化失调。平时小孩爱吃甜食，没有养成良好的漱口习惯。既破坏了脾胃的运化功能，又给牙齿带来了危害。另外孩子爱含着奶瓶睡觉和口里存有其他的食物则都会使口腔炎症增加。
早晨起来口臭考虑是胃肠道疾病、鼻咽部疾病有关，吸烟、饮酒、喝咖啡等都会引起咳嗽的现象发生；此外如果晚饭吃得过饱或者是吃了过多的肉、油腻的食物或者是刺激性的调料也会导致口臭的现象发生。
早上起床口臭主要是由于夜间口腔内细菌繁殖的比较快，同时口腔内咀嚼、语言、吞咽功能都比较少，进一步刺激细菌分泌带有臭味的物质，所以起床之后就会有口臭。但是对于口腔卫生明显不好的病人，比如存在慢性牙龈炎、牙周炎或者存在龋坏、烂根在口腔之内，早晨起床之后口臭会相当的明显。
如果口腔卫生比较健康，就是单纯的在晚上口腔内的细菌繁殖比较快所引起的。在夜间，口腔咀嚼运动比较弱，一般张口时间比较短，绝大多数都处于厌氧的环境，这样就很有利于口腔内细菌的繁殖。
2岁宝宝早上起床口臭最常见的是胃肠功能不良。一孩胃肠系统发育不够完全。所以如果进食比较多或者是吃了很多油腻的食物或者是晚间进食的比较晚，常常会引起消化不良。消化不良的时候，食物在胃内会产生一些臭味，通过消化道，传入到口腔当中，出现口臭。