早期发现时可先观察避免挤压，有些囊肿可自行消退，无需处理。如无法消退则以手术切除为主要手段，将囊肿及周围手术区域内的小腺体一并切除，但缝合时仍可能将周围腺体的导管阻塞再次形成囊肿。
孩子下嘴唇长了一个囊肿，考虑是粘液腺囊肿，可以对症治疗，手术应该尽可能完全切除肿物和囊壁，术后局部可以药物消毒，每天药物消炎，手术费每个医院收费不同，一般500块钱就应该可以了。
可以通过导航微电极介入术运用世界顶尖电子声影导航仪，将卵巢、囊肿立体定位显示，细如发丝的微电极放入囊腔，吸出囊内积液，再由微电极介入治疗系统将遏制囊肿再生的药物介入囊肿处，通过电离作用，使囊肿病灶组织细胞核抑制失活，达到治疗囊肿的目的。
脑囊肿是一种先天性的病变，一般不会发生恶变，当囊肿在很小的时候，几乎没有什么症状，一般是在颅脑CT的检查中发现的，是不需要处理的，只需动态观察，定期复查即可。当囊肿增大到一定程度，引起脑组织的压迫症状，如引起颅内压增高，继发癫痫等情况时，需要治疗。
口腔囊肿以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。
小儿膎窝囊肿的治疗与成人不同。孩子们经常不与关节沟通，很少有关节内损伤，这通常可以治好自己。成人经常有关节内损伤。手术切除囊肿应同时治疗关节内病变，否则易复发。原则上，所有的腘窝都应该切除。术前应行关节镜检查。其中大部分可以通过后内侧或后外侧切口进行。