扁桃体结石是由于慢性扁桃体炎，扁桃体隐窝内的分泌物积聚、钙化物沉积，形成的比较坚硬的结石样物质。大部分扁桃体结石没有症状，部分可以有咽部异物感、咽痛、口臭等症状，有时扁桃体结石会自行脱落或咳出，经常有特殊的臭味。较大的扁桃体结石自己可以通过照镜子发现，扁桃体隐窝内呈白色、黄色的砂石或豆渣样物，比较隐蔽或比较小的扁桃体结石需要到医院检查才能发现。
扁桃体结石如果张嘴可以明显看到，可以用镊子夹出来，可以到耳鼻咽喉科门诊去取出来的，在耳鼻咽喉科门诊有专门的工具。大部分人都可以取出来的。如果取不出来或者有出血的，就不要盲目去取。就需要通过手术切除扁桃体，才能治疗扁桃体结石的。平时也需要注意保养，尽量避免吃辛辣刺激食物，注意口腔卫生，饭后注意漱口，也可以预防作用。
对于小的扁桃体结石在平时多吃清淡饮食，在饭前、饭后一定要漱口，如果症状不是很明显，就可以饮食注意，注意漱口。如果结石反复引起周围炎症，此时可以考虑用消炎药物局部治疗。如果出现的结石不能通过普通漱口取出，可以用钳子将其取出。如果是比较大的结石，可以考虑在表面麻醉下切开黏膜将结石取出。如果反复出现结石不能完全消除，只能进行扁桃体切除手术。
可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
扁桃体结石一般是发生在扁桃体的上隐窝开口处，当张大嘴时，就会在扁桃体上隐窝，发现淡白色的颗粒样物，打哈欠张大嘴以及挤压扁桃体时颗粒样物可以脱落，质脆，并伴随着臭味。