扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，由于长期阻塞，分泌物引流不畅，干酪样物积聚，导致不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而形成结石，小结石可用无菌刮匙或者钳子挖出，而大结石则需在表面麻醉下切开黏膜取出。
扁桃体结石是由扁桃体上隐窝长期阻塞，致使分泌物引流受限引起。极少数的扁桃体结石会自行脱落，大多数还是需要通过外来器械，摘除结石。如果张嘴就可以明显看到扁桃体结石，可以使用镊子夹取出来。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
需要借助外界来摘除结石，比如咸水漱口、压水喷雾来冲洗、钳子取出等。必要时进行手术摘除，扁桃腺结石通常会有口腔异味，表现为恶臭，而且会有小颗粒状的物质咳出。
扁桃体结石不严重，但是扁桃体结石会引起病人扁桃体胀痛、口臭、反复发炎等相关症状。扁桃体结石是由于长时间的辛辣刺激食物的摄入，不注意口腔卫生，从而导致扁桃体分泌物无法排出体外，在扁桃体上隐窝口处形成结晶，从而形成嵌顿。