亚急性甲状腺炎以消炎止痛为目的，常使用非甾体消炎止痛药。若应用这类药物止痛无效，可在短时间内应用激素镇痛。
少数亚甲炎患者可伴有严重高代谢症状、心悸、怕热等，其表现非常明显，对这部分病人可在短期内应用β-受体阻断药控制上述高代谢症状。有些亚甲炎病人可并发甲减严重，病人可出现畏寒、乏力等变化，对这部分病人可短期用小剂量左甲状腺素钠片代替治疗，但不必长期服药。
亚急性甲状腺炎预后良好，病人不必有过多心理负担。
如果是亚急性甲状腺炎，严重疼痛时可以使用非甾体类消炎药来止痛，亚急性甲状腺炎患者服用非甾体消炎药，并不一定能立即缓解疼痛。
部分患者服用非甾体类消炎药后，可能会出现颈部疼痛加重的情况。这时候可以适当使用激素类药物，使用激素类药物治疗后，患者的疼痛症状能够得到有效的控制，同时还可以控制发热，血沉增快的情况，但是需要逐渐减少用量，避免产生依赖性。
亚急性甲状腺炎有多种治疗措施，临床治疗通常是使用抗炎药、退烧药，若发热持续不退则需要使用糖皮质激素进行治疗，但在进行激素治疗前应评价患者是否适合激素治疗。具体治疗措施应由医生面诊后，根据患者情况给出详细的治疗方案。
亚急性甲状腺炎如果症状轻只需口服药物治疗即可，如果症状重颈部疼痛发热明显，就需要激素治疗，一般需要2周以上可以考虑减药。减药应慢，减药快易复发，需要在医生指导下根据辅助检查用药。
亚急性甲状腺炎的治疗一般以控制症状为主，通常采用非甾体抗炎药物进行治疗，病情有可能会自愈。当病情急性发作时，可以通过糖皮质激素等药物进行治疗。平时多吃高纤维的蔬菜水果能够帮助改善症状。
亚急性甲状腺炎反复发作需要尽快去相关医疗科室接受检查，亚急性甲状腺炎发病初期，可出现甲亢症状，后期有些病人还可出现甲减，病情不严重，可以对症处理，心悸，出汗等适当口服解热镇痛药物。