甲状腺功能减退的治疗方法主要采用合成的甲状腺激素，即左甲状腺激素片替代治疗。
口服左甲状腺激素片可以恢复足够的激素水平，逆转甲状腺功能减退的症状和生命体征。左甲状腺激素片治疗可能终身，主要取决于甲状腺功能减退的原因。左甲状腺激素片的剂量需根据甲状腺功能复检结果进行调整，对于甲减患者，如果服用可能引起甲减或加重甲减的药物，需咨询医生，测定利弊后决定是否中止。另外，在碘不足的地区，为了纠正碘不足，需要给与足量的碘剂。左甲状腺激素片在适量使用时几乎没有副作用。
甲状腺功能低下是由甲状腺激素分泌不足引起的。用纯中药和中西医结合治疗甲状腺炎、甲状腺功能减退、甲状腺功能减退等甲状腺疾病是一种理想的方法，能彻底治愈甲状腺炎、甲状腺功能减退、甲状腺功能减退等甲状腺疾病。
甲状腺功能低下可以使用药物性甲减治疗，常见甲减的原因是桥本甲状腺炎，碘131治疗或手术后出现的并发症，需要根据甲功结果给予药物治疗，每3-4周复查一次甲功，直至甲功恢复到正常，三个月到半年复查一次甲功。而对于继发性甲减，需要找到病因。
治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
新生儿在分娩后48小时以上就需要行新生儿疾病筛查，主要包括甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症等。如果检查确诊是甲状腺功能低下，需要结合药物治疗，具体用药遵医嘱。如为永久性甲状腺功能减低症予终身治疗。
一般情况下，甲状腺功能低下能否治愈需要根据病因进行判断，具体内容如下：
1.能治愈：单纯缺碘可能会造成患者甲状腺合成甲状腺素较少，导致患者甲状腺功能低下，此时，甲状腺功能低下是能治愈的，患者可以通过适量多吃含碘的食物来促进甲状腺功能恢复正常。
2.不能治愈：甲状腺手术、放射性碘治疗等可能会对伤甲状腺组织造成损害，导致患者甲状腺功能低下，此时，甲状腺功能低下通常不能治愈，患者需要终身服药，以控制病情，缓解症状。