半夜腰疼的原因如下：
1、考虑床过于柔软或床不平整，被硌着了，睡眠方式不好等原因造成的；2、腰部有瘀血、腰痛的表现，就好像是被针刺了一下，疼的地方是固定的，回来越痛，一天下来就会很不舒服，甚至是翻身都会很痛苦，这是可能与闪着，跌倒，坐起来的时候用力过大，受伤等原因有关。治疗方法是以活血化瘀，通络止痛为主，可以服用身痛逐瘀汤等药物进行治疗。
半夜胸口疼考虑是十二指肠溃疡，十二指肠溃疡的特点是饥饿性疼痛，因此要行胃镜检查，看看有没有十二指肠溃疡，如果有要给予治疗溃疡的药物治疗。另外要注意避免引起十二指肠溃疡的易发因素如紧张，要保持心情舒畅，要注意戒烟、戒酒。
半夜头疼疼醒可能是丛集性头痛，大多数发生于20岁-40岁青壮年，是一种神经血管性头痛，确切病因目前尚不明确，大多数人夜间发病，多数于入睡后1小时-2小时发病，通常为持续性的钻痛，疼痛剧烈难忍。
半夜肩膀疼醒可能是肩周炎、受凉等原因导致的。
半夜肩膀疼分为肩周炎和受凉引起的。晚上睡觉时一定要盖好被子，可以通过针灸、按摩等方式缓解，还可以按摩肩部，这样比较容易恢复，可以服用消炎药。患者可以按照医嘱使用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片、双氯芬酸钠缓释片等药物进行治疗。患者平时应戒烟戒酒，适当地进行功能锻炼，比如抬高下肢、抬高手部等，以免出现肌肉萎缩和关节僵硬的情况。
头痛多梦可能由于精神紧张、压力大所引起。长时间精神紧张、压力大容易引起头痛、恶心、呕吐，可以出现睡眠障碍，主要表现为入睡困难，也可以出现睡眠时早醒，而有些患者可以出现睡眠时多梦。
