两种药有不同的适用方向。阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好如肺炎等。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按模型体现出主要的治疗效果。
头孢克肟胶囊和阿莫西林都属于一种消炎药物，阿莫西林属于青霉素类的，头孢克肟片是属于头孢类的药物，他们都是消炎药，但是不是一类药，治疗发烧感冒，头胞克肟效果好点。
头孢克肟和阿莫西林，都是抗生素用药，阿莫西林是一种最常用，应用较为广泛的口服半合成青霉素，口服吸收好，容易耐药，头孢克肟是第三代头孢类，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较阿莫西林少见等优点，可用于一些比较严重的感染。
头孢和阿莫西林都属于抗菌药物，它们的区别主要为头孢属于头孢菌素类抗菌药物，阿莫西林属于青霉素类抗菌药物。头孢的过敏反应比阿莫西林少。青霉素过敏者阿莫西林禁用，但部分头孢菌素可以应用，无过敏现象。头孢的抗菌谱广，作用强，耐青霉素酶，可用于耐青霉素金葡菌及某些革兰氏阴性菌如大肠杆菌等感染。
头孢氨苄是第一代头孢菌素，主要作用于需氧的革兰氏菌如肺炎链球菌，头孢克肟是第三代头孢菌素，能够治疗对头孢克肟敏感的菌所致的轻度到中度的感染，如肺炎链球菌，淋球菌，大肠杆菌等。
阿莫西林克拉维酸钾分散片适用于治疗如下敏感细菌引起的感染：、下呼吸道感染，耳鼻喉感染，皮肤及软组织感染，泌尿生殖系统感染，其他感染：骨髓炎、败血症、腹膜炎和手术后感染。而头孢用于耐葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌、大肠杆菌等的感染。