一般比较早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿生长部位不影响患者生活，也可以不做处理。
中医并不能治疗肝囊肿，出现肝囊肿必须要根据病情进行相关的检验，要是出现了肝囊肿或者是影响到肝功能引起了身体疼痛，就必须要进行治疗，需要注意囊肿的具体性质，超过5公分以上可以进行手术切除。
跑步不能治疗肝囊肿。但是跑步可以提高病人的身体免疫能力，从而可以抑制肝囊肿的增大，防止病人的肝囊肿出现恶化、癌变的情况。对于肝囊肿的病人是需要根据囊肿的病理来采取药物治疗、手术切除等方式进行治疗。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
在中医学上，肝囊肿属癥瘕、积聚的范畴，病程较长，多因肝郁气滞，湿浊虫积日久，导致气滞血瘀。如果是直径5cm并出现压迫症状，是需要采取超声引导下穿刺抽液的方式进行治疗的。对于反复复发是需要反复抽液治疗的。