使用肛门镜，也可以借助直肠镜进行检查，首先，患者尽量去排空大便，并且使用温水清洗肛门，尽量保持肛门部的清洁卫生，要保持心情放松，在检查时，患者一般需要采取膝胸位或者侧卧位。医生一般需要对肛门镜和患者肛门涂抹石蜡油等润滑剂。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
直肠炎检查方法：直肠指检是直肠炎在发病以后通常都会做的一项检查，这项检查对于直肠炎的诊断是有很大帮助的，通过直肠镜检可以很好的了解病情，从而可以有针对性的进行治疗，这种检查方法也是用于鉴别直肠炎和直肠癌的有效方法，患有这种疾病在发病的早期可以用这种方法来进行检查。
直肠癌最有效的检查方法，就是做直肠指诊，用手指头检查患者的直肠，绝大部分可以触摸到，检查直肠的时候，直肠指诊要检查出患者肿瘤的大小、位置、是否溃疡，这样可以判断直肠癌，是早期的或者是晚期的，对下一步的治疗，有一定的指导作用，如果直肠指诊没有摸到肿块，可以做进一步的检查。
直肠镜检查可以分为有痛以及无痛，无痛是在静脉麻醉操作下进行检查，有痛肠镜在进行检查之前的前一天，应该叮嘱病人流质饮食，检查前的早晨口服硫酸镁以及甘露醇等量的盐水或者温水清洗肠道，排出清水样便之后可以进行检查。
直肠检查主要检查是否有痔疮（包括内痔，外痔，混合痔等），直肠息肉，直肠肿瘤等。简单的直肠检查是肛门指诊，即单纯通过手指深入直肠进行触诊，对病变位置靠下的患者实用。但对于一些病变靠近上方，指诊难以触及的部位，多需要结合肠镜的检查，更加直观，也更加准确。当出现便血，左下腹疼痛，里急后重等症状时多考虑直肠病变。