最基础的区别就是硫酸软骨素是单方药物，而氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素复合而成的复方药物。其次硫酸软骨素可以和水分子结合，滋润关节部位，主要作用是促进关节软骨再生。而氨糖软骨素中氨基葡萄糖可以保持关节软骨的代谢平衡、促进胶原蛋白的合成、修复损伤的关节软骨，氨糖软骨素主要作用就是改善关节问题。
硫酸软骨素的主要作用是降低血脂，有轻微修复软骨、促进软骨再生的作用，有一定缓解关节疼痛的作用，还能预防冠心病。而氨糖软骨素的作用是减轻关节炎症，缓解关节疼痛，抑制关节软骨破坏酶，促进软骨修复。硫酸软骨素一般都是药品，具有明确的治疗作用。而氨糖软骨素有一部分产品属于保健品，对于其产品成分的监管和控制并没有药品严格。
硫酸软骨素和盐酸软骨素都属于保健品类别，其用于改善骨密度。不仅可以补充软骨素，还可以改善骨骼和关节活动。多用硫酸软骨素，主要是因为硫酸软骨素比盐酸软骨素更容易吸收，吸收的更好一些。
硫酸软骨素用于治疗神经痛、神经性偏头痛、腹腔手术后疼痛等。具有止痛，促进软骨再生的功效，可以从根本改善关节问题，预防和治疗链霉素引起的听觉障碍以及各种噪音引起的听觉困难、耳鸣症等，效果显著。
氨糖软骨素能减轻关节的初期响声，但在后期引起的关节响声中不能起到作用。
1、能缓解：早期关节炎会出现轻微的关节响，关节软骨轻微受损，可用氨糖软骨素进行修补，一般在3-6个月左右就能起到缓解的作用。
2、不能缓解：晚期关节炎也有关节响音的症状，但是关节的软骨受损严重，服用氨糖软骨素也不能彻底的恢复，不能减轻关节的响音。
硫酸软骨素在十到二十元左右一瓶。硫酸软骨素主要是从猪的喉骨、鼻中骨以及气管这些软骨组织中提取制得的，它是一种酸性粘多糖成分。主要用于高脂血症，能够有效的预防冠心病、心肌梗死、冠状动脉粥样硬化以及心肌缺血性疾病。