不能和莲子一起吃的食物有牛奶，猪肚，蟹。牛奶和莲子都含有丰富的蛋白质，两者一起吃会导致大量的蛋白质和胃酸反应，从而产生凝结物，不容易消化而导致便秘。莲子和猪肚一起食用，容易导致食物中毒。莲子如果与蟹类同食，容易出现不良反应。
莲子和绿豆能一起吃。莲子性平，味甘涩，富含蛋白质莲子性平，味甘涩，富含蛋白质有补肾固精，养心安神，清热除烦之功。绿豆性凉，味甘，为清热解毒，消暑止咳，健脾的常用食材，这两者没有配伍禁忌，一起食用不但不会对人体产生副作用，反而还能更好的补充营养，增强滋补作用。
莲子芡实具有健脾和胃，补中益气，生津止渴的功效。可用于治疗遗精，滑精，慢性泄泻，小便频繁，遗尿，四肢无力，腰膝酸软，老年尿频，失眠，健忘，多梦，胸闷气短，食欲不振等。对女性白带异味，外阴瘙痒，宫寒所引起的盆腔炎，子宫内膜炎，附件炎，都有很好的缓解治疗作用。可增强人体的免疫力，抗衰老，抗氧化。忌：产妇，婴儿，便秘者慎用。
绿豆和莲子可以一起煮着吃。莲子含有丰富的蛋白质，有滋补清心的作用。绿豆含有丰富营养元素，有增进食欲、降血脂、降低胆固醇、抗过敏、解毒、保护肝脏的作用。两者同时煮食，可以适当放点冰糖，大米，一起煮来吃能达到健脾养胃，清热去火的目的。
莲子和藕一起吃有清热凉血的功效，可以用于治疗热病症状。莲子和藕同时进食，有清热凉血的功效，对于热病导致的口渴、咽喉肿痛等症状均有一定的疗效。莲藕中含有膳食纤维及黏液蛋白，能减少脂质的吸收，莲子和藕一起食用能增强食欲，促进消化，有通便止泻、健脾开胃的作用。
莲子本身含有丰富的营养物质，并且具有清热降火的作用，而其含有的降火成分主要存在于莲心中，所以吃莲子时最好吃带心的莲子。吃莲子时一般不需要忌口，最好不要和猪肚一起食用，莲子结合猪肚一同食用，容易中毒，所以要谨慎食用。