鱼腥草带有很浓烈的鱼腥味。服用鱼腥草泡水后，口气会变臭，短时间内也很难消掉。喝鱼腥草泡水可能会出现过敏反应，主要的表现身体出现药物性皮炎、末梢神经炎、过敏性紫癜等症状。鱼腥草含有马兜铃内酰胺。马兜铃内酰胺诱发肾脏损伤与马兜铃酸类似，过量食用鱼腥草可能引发马兜铃肾病。由于鱼腥草性寒，所以比较适合肺热体质的人服用。服用过多的鱼腥草泡水很有可能导致体寒，从而引起腹泻等症状。
复方鱼腥草片为糖衣片，除去糖衣后显棕褐色；味微涩。疗效好能改善患者全身状态，复方鱼腥草片是一种中成药，副作用较小。复方鱼腥草片主要的副作用是对胃肠道有一定的刺激作用，但是对身体影响不大。患者可以放心选用。
怀孕可以吃鱼腥草，但鱼腥草属于中药中清热解毒类草药，可用于肺热雍盛而出现的一系列上焦热证。若怀孕出现咳嗽、感冒等上呼吸道感染症状，表现为肺热征象者，可以服用鱼腥草清热解毒，治疗肺热病证。此外鱼腥草泡水也能够预防咽喉痛、咳嗽、咳痰、发热等症状的出现。对于偏热体质的孕妇来说可以日常服用起到预防作用。
复方鱼腥草合剂是一种具有清热解毒功效的中成药。用于咽喉肿痛疾病的治疗，风热感冒导致的咽喉肿痛，急性咽炎、扁桃体炎导致的咽喉肿痛。在保护人体健康和提高人体的免疫力显著的作用。
鱼腥草性味苦寒，具有清热解毒、消肿排脓的作用，泡水喝一般是起清热解毒的作用，副作用是其性味苦寒，脾胃虚寒之人不宜服用，平人也不宜久服，苦寒之药容易败胃、容易伤阴。
鱼腥草有一定的消肿排脓、利尿的功效。对于一些火热淤积或者小便短赤有很好的辅助治疗作用，但是因为鱼腥草本身属于一种寒凉性质的药材，吃多之后很有可能会导致腹痛、腹泻，或者导致寒凝胃肠引发胃肠刺激症。所以少量食用，一旦出现不舒服的症状，立刻停止饮用鱼腥草水。