早期可通过手术治疗，大部分肛管直肠周围脓肿可获得痊愈。可采用双向等压引流手术治疗，半切割挂线，放引流管，可不切断肛直环使脓肿愈合。要相信科学，不要乱吃、乱用任何药品，不要使用偏方。
肛门囊肿有可能导致肛瘘，这种也有可能存在两种疾病，肛瘘的治疗就是一挂线疗法，或者是手术切开来进行治疗。而且手术是一种比较小的手术，治疗起来比较简单。肛周脓肿引起的肛瘘，肛周脓肿需要抗生素消炎。肛周脓肿会导致并发肛瘘，肛瘘保守治疗效果较差，建议手术治疗。少食辛辣刺激性食物，预防大便干结。
小孩得了肛周囊肿，要及时的去医院接受正规的手术治疗，不要自己乱买药物给小孩服用，要听从医生的嘱咐去治疗。注意营养合理，食物尽量做到多样化，多吃高蛋白、多维生素、低动物脂肪、易消化的食物及新鲜水果、蔬菜，不吃陈旧变质或刺激性的东西，主食粗细粮搭配，以保证营养平衡。
肛周囊肿的治疗方法可以分为，内用疗法还有外用疗法，所谓的内用疗法是可以选用治疗类似这样的药物都可以，还可以利用一些外用的药膏，同事口服一些消炎的药物结合起来治疗。
少数肛门囊肿用抗生素，就是消炎药，热水坐浴，局部理疗等可以消散，如果治疗效果不好，大多数需要手术治疗。平时保持肛门清洁，用温水坐浴，少吃油炸熏烤食品，少吃油腻食品。