结直肠炎由于病因不明，病程长，反复发作，故在治疗上亦十分困难。可以西药治疗，要看情况使用抗生素等药物调节肠道功能，一个月为一个疗程，得四到五个疗程。也可以用中医中药理气舒肠方治疗，健脾补肾、益气除湿为治本之法也要半年以上的时间。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
直肠炎栓是可以治疗直肠炎的，栓剂作用比较直接效果也是比较好的，平时也可以去附近医院中医科诊脉，看看舌苔，辩证调理中药汤剂灌肠治疗等，平时需要，消除各种可能致病的因素，如避免进食对胃黏膜有强刺激的饮食及药品，避免辛辣刺激食物，避免油腻的食物，戒烟忌酒。注意饮食卫生，防止暴饮暴食。
直肠炎栓是可以治疗直肠炎的，栓剂作用比较直接效果也是比较好的，平时也可以去附近医院中医科诊脉，看看舌苔，辩证调理中药汤剂灌肠治疗等，平时需要，消除各种可能致病的因素，如避免进食对胃黏膜有强刺激的饮食及药品，避免辛辣刺激食物，避免油腻的食物，戒烟忌酒。注意饮食卫生，防止暴饮暴食。