药物并不是治疗肛周脓肿的唯一方法，治好肛周脓肿，必须切开引流而且，需要完全充分暴露创面，同时促进伤口愈合才可以的。一般治疗可以口服药物，或者进行必要的消炎也是没有作用和效果，而且需要避免直接压迫摩擦情况出现，同时手术需要彻底恢复一个月时间。
治疗肛周囊肿需要1个月-2个月的时间。肛周脓肿的治疗需要切除病变的肛隐窝，尽可能探寻内口所在。切开引流彻底清创暗腔，所有症状可随切开引流而消失。脓腔清创引流，脓肿暗腔清除与切除肛隐窝、这是肛周脓肿手术过程中的一个非常重要的环节。
肛周囊肿多长时间能恢复，肛周脓肿属于感染性疾病，切开引流术后半月基本就可以恢复了，病情重的需要更长时间，中药坐浴正规换药可以促进恢复，不会造成很严重后果所以不要担心。
肛周囊肿的大小还有深浅范围不一样，恢复的时间也就不一样，大部分需要在三到四周才能基本愈合，如果伤口很大，可能恢复的就比较慢。脓肿将来大部分会转化为肛瘘需再次手术治疗。所以要注意休息。
肛周囊肿恢复起来比较慢，大概需要半个月到一个月的时间，或许还需要更长的时间，对于肛周脓肿的病人，需要及时的换药，每天换药一次，观察恢复状况。不吃辛辣刺激性食物，可以促进身体恢复。
术后需要卧床两三个星期才能好，具体还是因人而异。要注意避免食用很油腻的食物，比如猪蹄，鸡汤，他们的脂肪会堆积起来，使得伤口不能很好的愈合，引起对细菌的抵抗能力衰弱，所以不能吃大肉，肥肉，要以清淡少油为主。