肛周脓肿较难自愈，该病为肛周特殊部位感染，即肛门部肛腺感染，沿皮肤和黏膜间隙潜行扩散，故有别于体表疖、痈感染。因皮肤和黏膜比较牢固，不易突破，故局部或全身用药很难控制，微小肛周感染，可通过局部坐浴，口服消炎药。绝大多数肛周脓肿，已有脓液形成时很难自愈，且肛周脓肿如果不积极治疗，可能逐步蔓延形成巨大脓肿，从局部感染扩散至更大范围感染。
轻度肛周脓肿可以自愈，在此期间，要注意饮食，避免进食辛辣刺激性食物，避免长时间坐着蹲着，可口服或注射广谱抗生素，防止炎症扩散，缩小其限制和缓解肿胀和疼痛，如果保守治疗不明显并且脓肿逐渐增加，则需要手术治疗。
轻微肛周脓肿是能自好的，轻微肛周脓肿平时防止症状加重要做好肛部护理，坐姿要让肛部悬空透气，可使用肛部治好支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退，便后要用水清洗干净，可使用肛部治好清洁器帮助便后清洗，熏蒸坐浴要保证足够时间，可使用肛部治好药浴盆每天用温水或熏蒸坐浴。
孕妇肛周脓肿自愈的可能性很小。
孕妇肛周脓肿是由于肛周炎引起的，它的临床症状是红、肿、热、痛，可以局部发热，可以引起全身的发热，疼痛比较剧烈，会影响休息和睡眠，影响行走和工作。孕妇一旦发生肛周脓肿，基本是没有自愈可能性的。
首先治疗办法是手术治疗，如果是孕妇，一般情况下不做根治性手术，只能做简单的切开引流术。
肛周脓肿是一种很常见的病症，也多发育儿童，但肛周脓周是一种需要外科治疗的疾病，是不可能自行恢复的。
如果只是单纯的肛周炎性包块，只要及时进行抗炎处理，就有可能痊愈。如果是肛周脓肿，可能会出现自然破溃而形成肛痿，此时需要做第二次手术。
肛周脓肿的另一种治疗方法是直接切开引流，也可以一次性根治肛周脓肿，但不能自己痊愈。
婴儿肛周脓肿一般不能自愈。
肛周脓肿的病因很清楚，是由直肠粘膜的炎症所致，是肛肠科唯一的炎症。肛周脓肿是一种外科疾病，可以通过药物来暂时缓解，减轻痛苦，减轻发烧，但并不能自愈，此时细菌和病毒都没有被彻底清除，只是暂时的，以后可能会再次发作。婴儿出现肛周脓肿建议家长及时带患儿就医，在医生的指导下选择保守治疗，或者采取手术切开排脓。